V 7. čísle Newsletteru MŠMT OP VK z května 2014 uveřejnil Řídicí orgán Operačního programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost (ŘO OP VK) článek „Daňová kontrola na základě podezření na porušení rozpočtové kázně a možné dopady na způsobilost výdajů“. V tomto článku ŘO popisuje různé situace a svůj další postup v případech, kdy je při kontrole projektu zjištěno pochybení, které je orgánu finanční správy či krajskému úřadu oznámeno jako podezření na porušení rozpočtové kázně. Finanční resp. krajský úřad, v jehož pravomoci je prošetření podezření na porušení rozpočtové kázně, rozhodne na základě své kontroly o potvrzení či nepotvrzení porušení rozpočtové kázně a výsledek kontroly zpracuje do protokolu o kontrole/zprávy z kontroly. Dle Metodiky finančních toků a kontroly programů spolufinancovaných ze Strukturálních fondů, Fondu soudržnosti a Evropského rybářského fondu na programové období 2007 – 2013 odpovídá za potvrzení nesrovnalosti ŘO OP VK. V článku jsou dále popisovány možné případy, které se v praxi mohou vyskytnout. Ty jsou závislé na skutečnosti, zda ŘO OP VK souhlasí či nesouhlasí se závěry daňové kontroly provedené příslušným orgánem.